Oddělení zoologie se ve své pedagogické činnosti orientuje především na zemědělskou a lesnickou zoologii a obecnou ekologii. Náplň předmětu Zoologie je částečně modifikována podle zaměření studentů a poskytuje znalosti využitelné jak při studiu navazujících disciplín, tak přímo uplatnitelné v pozdější praxi. Předmět Ekologie je určen především pro budoucí agroekology a rostlinolékaře, jako volitelný předmět si jej vybírá mnoho studentů dalších oborů. Oddělení zajišťuje výuku na fakultě agronomické, lesnické a dřevařské a zahradnické. Výuka je zaměřena především na splnění následujících cílů:
- získání obecného rozhledu v uvedených disciplínách (zejména zoologie a ekologie) předpokládaného a nutného u absolventů biologicky orientovaných oborů;
- poskytnutí nezbytného teoretického základu pro studium dalších specializovaných zemědělských, lesnických a jiných disciplín;
- poskytnutí znalostí přímo uplatnitelných v praxi absolventů (ochrana rostlin, parazitologie, krajinná ekologie a vůbec pochopení role živočichů v ekosystémech a obecně ekologických souvislostí atd.).
Témata bakalářských, diplomových a disertačních prací jsou zadávána v návaznosti na řešené výzkumné projekty, ale současně je ponechána určitá volnost ve výběru vlastních témat nadaným a iniciativním studentům.
Výzkumná činnost oddělení se zaměřuje na řešení celé řady teoretických i praktických problémů z oblasti taxonomie a bionomie živočichů, ochrany rostlin a parazitologie. Rozsáhle je studována biodiverzita vybraných taxonomických skupin bezobratlých, bioindikační a bioregulační role některých druhů, ekologie savců a jejich impaktu v zemědělství a lesnictví či parazitologie se zaměřením na domácí i volně žijící zvířata.